2005年10月下旬，旅游协会会长邵琪伟率团，组织了由31个省、自治区、直辖市旅游界代表参加的大陆居民赴台旅游考察团，实地考察了旅游线路、旅游景点以及相关接待设施。

　　2006年4月，国家旅游局与公安部、国台办联合颁布《大陆居民赴台湾地区旅游管理办法》。

　　2006年7月，为实现双方以民间机构进行磋商，经民政部审核并报国务院批准，成立了“海峡两岸旅游交流协会”。同年10月，台湾也相应成立“台湾海峡两岸观光旅游协会”。

　　2005年以来，国家旅游局以民间机构名义，邀请台湾观光协会牵头组织台湾业者代表团，先后三次、每次300多人规模参加在昆明、上海两地轮流举办的中国国际旅游交易会。

　　2006年和2007年底，以“海峡两岸旅游交流协会”名义，两次组织31个省、自治区、直辖市旅游界入岛，参加“海峡两岸台北旅展”，向台湾同胞介绍大陆旅游业，展示大陆丰富多彩的旅游资源，推介大陆旅游线路和景区景点。两次均设255个展台，2300平方米展位面积，分别吸引公众17万、19万人次。

　　国家旅游局专门召开了大陆居民赴台旅游领队人员工作会议，与有关部门共同研究确定了第一批组团社，研究讨论了《大陆居民赴台旅游领队管理办法》《大陆居民赴台旅游注意事项》《大陆居民赴台旅游团名单表管理办法》等一系列相关管理办法的草案。

　　从2006年10月到2007年8月，国家旅游局以海峡两岸旅游交流协会名义，与台湾旅游民间组织在澳门进行了6次技术性磋商，双方就磋商主体、模式和人员身份、旅游形式、团队人数、每日配额、开放区域、证件采认、旅游包机、市场秩序规范、互设办事机构等相关事宜广泛交换了意见，达成了诸多共识。