据台湾《中国时报》报道，外传美方曾为这种安排向扁致歉，并非事实。“台北驻美代表”吴钊燮25日偕家人参加华府侨界活动，面对媒体询问，吴钊燮说，“过境”一事，一向都要花很多工夫与美方协商。但是这一次，“整体的客观环境与我们以往从事这些协商，不是很一样”。

　　吴钊燮称，不久前，安排吕秀莲“过境”时，美方把“过境”与“入联公投”分开处理；这回陈水扁“过境”，显然受到“入联公投”影响。 

　　有报导称，浦为廉曾向陈水扁当场道歉。当时也在场的吴钊燮澄清说：“没有”。他接着说：“美方的话，最好还是由美方说明比较好。”至于扁抱怨后，回程时的待遇是否会改善，吴钊燮说，到目前为止，并未看出会有什么改变。