鐽震案黑幕重重，外界质疑的部分，包括谁指示成立鐽震公司、鐽震公司与扁当局高层的关系、谁是军中的幕后主使者、谁要求对法军事交流、对法军购是否隐藏个人不法利益等，“国防部”到目前没有一项可以对外清楚说明。

　　台湾《中国时报》有文分析说，“立委”在选前要求“国防部”彻查鐽震案弊端，“国防部长”蔡明宪当时也信誓旦旦表示，七到十天就会对外有所交待。没想到台湾军方至今不仅没查出所以然，蔡明宪指示军法单位调查的方向，居然从“立委”要求的查弊案转向查泄密案，显示蔡明宪只不过是以调查鐽震案之名，行军中清算和掩盖真相之实。

　　李天羽匆匆下台 调查转向

　　在鐽震案爆发后，表示自己不知情的前“国防部长”李天羽一周内就匆匆下台，接任的“部长”蔡明宪因民进党新潮流系的色彩浓厚，原本就被外界质疑上台后可能会为鐽震案“善后”，不过因为蔡明宪曾在“立法院”宣誓十天内就会交代鐽震案的调查结果，在选前也因而一时缓住了“立委”对他的质疑。

　　蔡明宪本末倒置 整顿军系

　　没想到，就在外界等待军方内部调查鐽震案的过程，“国防部”指示台湾军法单位调查的重点，居然从外界想了解的案情和弊端，悄悄转向改为清查鐽震案的军中泄密管道，如此借刀杀人和本末倒置的做法，除了让外界感到不可思议外，蔡明宪此举，无疑更增加外界对其接任“国防部长”是为了掩盖鐽震案真相的质疑。

　　据知情人士透露，由于鐽震案内幕涉及的军中层级极高，因此尽管台湾军法单位接手，最后也会办不下去，要靠台军方内部调查，真相永远也不会有大白的一天，不仅如此，反而还让“国防部”可以趁机大查泄密，顺便整顿军系并掩盖事实。

　　真相内幕 要靠“立院监察院”

　　因此，要查鐽震案，必须要靠台军中体制以外的“立法”和“监察体系”介入调查，现在“大选”胜负已定，国民党将接替执政，在选前由蓝营“立委”在“立法院”外交及“国防委员会”决议组成的鐽震案调阅小组，周四将组成并开始运作。这个小组未来调查的成效，已关乎鐽震案的内幕是否能在“国会”监督之下真相大白。