与国内许多中医药博物馆相比，这座全国首创的室内外相结合的中医药博物馆特色鲜明，室内室外浑然一体。

　　室内馆面积５００多平方米，一层主要展示源远流长的中医药文化，大量史料清晰展示出闽台中医药发展和交流的历史脉络；二层以中草药标本陈列为主，同时展出海峡两岸共同弘扬的慈济文化成果。室内馆区不仅展出有图片和实物，还有可入药的海峡两岸常见的动植物标本４０余种以及中草药盆栽。

　　室外８１１级台阶的中医长廊，高差达１２７．０５米，按照由今至古的顺序，两侧间隔排列李时珍、华佗、扁鹊等历代名中医雕像３２尊。顺廊而上，在熟悉博大精深的传统中医文化的同时，也可体味爬山采药的艰辛。

　　博物馆中，面积４０００多平方米的百草园辟于盛产药用植物的青礁岐山东鸣岭山麓，内有中草药３００多种。

　　汉唐以来，闽台文化交流日益频繁，两地人才辈出，名医史不绝书，为海峡两岸人民的健康做出了重要的贡献。

　　据悉，闽台中医药博物馆拟申报国家级中医药文化基地，并将长期免费向市民开放。