据报道，在刘兆玄的施政方针中，两岸政策相当积极。“再创经济奇迹”的产业创新提及建立两岸金融预警及防卫机制，促成两岸金融监理机制运作，协助金融业进军大陆市场；推动开放两岸空运直航，规划桃园、台中清泉岗、台北松山、高雄小港、马公、花莲、台东及金门八座机场为两岸直航机场。

    其它还包括，放宽大陆配偶工作资格；透过协商促成两岸媒体相互驻点采访正常化，支持各级学校与大陆学校交换交流；鼓励民间基金深入大陆，扩大学术交流逐步凝聚共识，为将来推动大陆学历采认政策奠基础。

    此外，施政方针中明定要设置“中央廉政委员会”，订定公务员伦理规范，推动“干净政府运动”、反贪法规再造、严惩逾期无不申报或故意申报不实者、研议将公职人员财产来源不明者课予刑罚等。