台湾岛面积3.6万平方公里，海南岛面积3.4万平方公里，分别是我国第一和第二大岛。中改院分析说，琼台两岛地缘相近、血缘相亲、气候相似，资源互补，具有发展更加紧密的经济合作关系的良好基础。

　　海南拥有丰富的热带农业资源、南海油气和热带旅游资源，为实行琼台自由贸易提供了可靠的条件。琼台经贸合作已有近20年的历程。海南建省办特区以来，台湾一直是海南重要的对外经济贸易伙伴，截至目前，台湾在海南投资注册企业累计达1500多家，实际投资23亿多美元。两岛在合作形式、生产组织与经营、管理及服务等方面积累了一定的经验，为实行琼台自由贸易奠定了基础。

　　从总体上看，琼台经贸合作实现了海南与台湾之间优势互补，获得了良好的经济效益，除中小投资者外，台湾一些大公司也开始参与到琼台经贸合作之中。

　　海南特区经过20年的建设发展，投资软硬环境都有明显改善，有利于琼台自由贸易政策的实施。尤其在投资软环境建设方面，海南积极利用中央给予的优惠政策和地方立法权，初步建立了现代企业制度、较为规范的市场体系、多层次的社会保险体系和市场经济法规体系。海南还拥有全国人大授予的特别地方立法权，为以法律手段保障、以制度规范琼台自由贸易的实施创造了条件。

　　中改院认为，站在历史新起点，着眼于两岸关系发展的大局，着眼于海南深化改革、扩大开放的需求，建立琼台自由贸易区，不仅有利于加快海南的发展，也能充分发挥海南在两岸和平统一大业中的特殊作用，是实现两岸合作共赢、经济一体化的重要举措。

　　首先，建立琼台自由贸易区，是落实“十七大”提出的实施自由贸易区战略的重要组成部分。琼台自由贸易区既包含有实行自由贸易的相关政策，又包含有在实行自由贸易政策条件下所要求的体制创新以及相关联的许多重要领域的改革，必将对海南经济特区的改革开放提出新的要求，促进海南在体制创新、产业升级、扩大开放三个方面的联动发展。

　　其次，建立琼台自由贸易区，是一项立足于两岸关系长远发展的具有全局性的重大举措，对于促进两岸关系良性互动有着重大的现实意义。

　　再者，海南地理位置独特，面向东南亚，处于亚洲中心，通过建立自由贸易区实现两岛的区域经济一体化，有利于台湾拓展经济发展空间。

　　建立琼台自由贸易区，从长远看，是全方位、多层次、宽领域的，中改院建议，两岸决策层要有全局性的应对策略和措施，统筹协调，积极推进。

　　由于琼台自由贸易是我方对台主动放开海南市场的一种特殊贸易形式，无需列入两岸政治会谈，协商决定，因此，中改院建议由国务院制订《实行琼台自由贸易专项管理条例》，选择适当时机颁布实施；国家海关、税务等部门根据国务院所颁布的专项管理条例，对涉及本部门的内容、政策及相关问题作出具体明确的专门规定；并由海南省政府根据国务院专项管理条例，制订具体执行办法，以地方立法和行政法规的形式，对执行专项管理条例所涉及的问题作出明确规定，并结合国家有关部门落实此项条例的有关政策规定，制订实施细则。在就琼台自由贸易制订政策和立法时，要注意借鉴台湾方面有效的政策、法律及成功经验，以及组织与运作方式。

　　此外，还要选择特定的行业率先取得突破，逐步建立共同市场，并充分发挥社会组织的作用，为企业界的合作提供服务，为科技、文化、教育以及人员交流牵线搭桥并提供方便。